Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan pada awal terbentuknya dimulai dari Jurusan Perikanan yang tergabung dalam Fakultas Peternakan-Perikanan berdasarkan SK. Mendikbud RI No. 039/KEP/1976 tanggal 15 Nopember 1976 dan memiliki 2 jurusan, yaitu Jurusan Peternakan dan Jurusan Perikanan. Jurusan Perikanan inilah yang menjadi cikal bakal berdirinya Fakultas Perikanan. Selanjutnya, berdasarkan SK. Presiden RI No. 73/1982 tanggal 7 September 1982, terbentuklah Fakultas Perikanan yang dimekarkan dari Fakultas Peternakan-Perikanan yang menyelenggarakan 2 Jurusan/Program Studi (PS) yakni PS Manajemen Sumberdaya Perairan (PS MSP) dan PS Pengolahan Hasil Perikanan (PS PHP).
Perkembangan Fakultas Perikanan terus berlangsung hingga bertambahnya sebuah PS baru, yaitu PS Ilmu Kelautan (PS IK) pada Jurusan MSP seiring diterbitkannya SK. Dirjen Dikti No. 21/DIKTI/KEP/1988. Pada Tahun 1994, Jurusan/PS PHP berganti nama menjadi Jurusan/PS THP (Teknologi Hasil Perikanan), sesuai Kepmen Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0311/U/1994. Pada Tahun berikutnya yakni tahun 1995 fakultas ini membuka Program Diploma-3, Budidaya Perairan pada lokasi Stasiun Lapangan Hila (SLH) berdasarkan SK Rektor Unpatti No. 75 tahun 1995 yang dipimpin oleh seorang direktur yakni Drs. P.A Wenno, M.Sc. Penyelenggaraan Program D-3 dihentikan dan tidak lagi menerima mahasiswa baru untuk tahun ajaran berikutnya sampai sekarang akibat timbulnya konflik sosial pada tahun 1999. Lebih lanjut pada tahun 2001, Fakultas Perikanan menambah lagi 3 PS baru berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 2595/D/T/2001 tanggal 6 Agustus 2001, yaitu: a) PS Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PS PSP); b) PS Sosial Ekonomi Perikanan (PS SEI); dan c) PS Budidaya Perairan (PS BDP).
Pada tanggal 5 Agustus 2003 fakultas Perikanan resmi berganti nama menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan sesuai SK Mendiknas No. 121/O/2003. Dengan demikian, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan telah menyelenggarakan pendidikan tinggi regular S1 dengan 2 Jurusan dan 6 Program Studi yang dapat dijabarkan sebagai berikut:
- Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP), menyelenggarakan:
- a) Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (PS MSP);
- b) Program Studi Ilmu Kelautan (PS IK);
- c) Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PS PSP);
- d) Program Studi Budidaya Perairan (PS BDP).
- Jurusan Teknologi Hasil Perikanan (THP), menyelenggarakan:
- a) Program Studi Teknologi Hasil Perikanan (PS THP);
- b) Program Studi Sosial Ekonomi Perikanan (PS SEI/PS AGP).
Tanggal 3 Mei 2018, Rektor Universitas Pattimura mengeluarkan Surat Keputusan Rektor UNPATTI Nomor: 708/UN13/SK/2018 tentang Pengangkatan Para Ketua Jurusan dan Sekretaris Jurusan Pada Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Pattimura Periode 2018-2022 yang sekaligus membentuk jurusan pada masing- masing program studi, sehingga semulanya hanya ada 2 jurusan dimekarkan menjadi 6 jurusan yang nomenklatur jurusannya sama dengan nomenklatur program studi. Sejak berdirinya FPIK-UNPATTI telah dipimpin oleh 9 orang dekan dari tahun 1982 hingga saat ini masing-masing sebagai berikut:
- Drh. L. D Waerisal, M.Vs. (periode 1982 – 1986);
- S. P. Telussa, MS. (periode 1986 – 1990);
- J. M. Nanlohy (periode 1990 – 1994);
- M. Wattimury (periode 1994 – 1998);
- J. Hiariey, M.Sc. (periode 1998 – 2006);
- D. Sahetapy, M.Sc. (periode 2006 – 2014);
- H. Matakupan, M.Si. (periode 2014 – 2018);
- Dr. Ir. A.S Khouw, M.Phill. (periode 2018 – 2020);
- Dr. F. Leiwakabessy, M.Pd. (periode 2020 – 2021); dan
- Yoisye Lopulalan, S.Pi., M.Si. (periode 2021 – sekarang).
PS MSP sendiri sebagaimana telah dijelaskan di atas, merupakan salah satu program studi tertua di FPIK UNPATTI, karena berdiri bersamaan dengan FPIK UNPATTI itu sendiri. Sejak tahun 1982, sudah berganti pimpinan PS MSP sebagaimana tertera di bawah ini:
- M. Salamony. (periode sebelum 1995)
- J. A. Pattikawa, M.Sc. (periode 1995 – 2000);
- D. A. J. Selanno, M.Sc. (periode 2000 – 2005);
- R. Pentury, M.Si. (periode 2005 – 2011);
- Ch. Tuhumury, M.Si. (periode 2011 – 2015);
- Ir. F. S. Pello, M.Si. (periode 2015 – 2023);
- W. Ayal, S.Pi., M.Si. (periode 2023 – sekarang).
Saat ini PS MSP sudah terakreditasi Nasional dengan peringkat akreditasi Unggul. Sebelumnya PS MSP menjadi program studi pertama di Universitas Pattimura yang terakreditasi A pada tahun 2007 dan sudah melakukan reakreditasi sebanyak 3 kali dengan hasil tetap mempertahankan peringkat akreditasi A tersebut. Pada tahun 2023, PS MSP mengusulkan pengkonversian peringkat akreditasi ke BAN-PT dan pada tanggal 3 Mei 2023, akhirnya mendapatkan peringkat konversi akreditasi menjadi Unggul hingga saat ini.